Základní škola a Mateřská škola při Fakultní Thomayerově nemocnici se nachází na území obvodu Prahy 4. Historie školy úzce souvisí s počátky nemocnice. 1.července 2004 v rámci optimalizace sítě škol došlo ke sloučení mateřské a základní školy.

Výchova a výuka hospitalizovaných dětí probíhá na všech dětských odděleních nemocnice (dětská chirurgie, interna, TBC, infekce,neurologie a psychiatrie) a na odloučeném pracovišti MŠ Kukučínova.

Na oddělení dětské psychiatrie a neurologie jsou pro děti předškolní i školní účelně vybavené třídy klasického typu. Na ostatních odděleních pracují učitelé s dětmi na pokojích nebo v hernách.Často je dítě z důvodu nemoci nebo zranění upoutáno na lůžko, pak výchovně-vzdělávací proces probíhá individuálně. V areálu nemocnice je k dispozici zahrada, kterou využívají zvláště děti z dětské psychiatrie a neurologie. Jedenkrát týdně mají pedagogové s dětmi možnost využít pro sportovní činnost tělocvičnu nemocnice.